i-Reporterアプリからi-Repo Manager(i-Repo Server)へ保存した帳票を、一定の保存期間終了後に自動で削除できますか？

恐れ入りますが、自動削除機能はありません。

WebAPIオプションをご利用いただきお客様にて個別プログラムを開発することで、
削除APIを実行し自動で削除することができます。