一度完了保存した入力帳票を編集可能にした後、再度サーバー保存した場合、自動ファイル出力は実行されますか？

はい、実行されます。

一度「入力完了」ステータスになった入力帳票をConMas Managerから「編集中」にした
場合も、自動ファイル出力の設定が有効であれば、その設定に従って自動ファイル出力は
行われます。