専用設定ファイル(.ircfファイル)には、設定したい項目のみを記載して使用できますか？

はい、できます。
設定が不要な項目は省略して、専用設定ファイルを作成すれば問題ありません。

省略した項目は、i-Reporterアプリのデフォルト設定のままになります。