ConMas Designerの「クラスタ―index再採番確認」画面を非表示にできますか？

はい、できます。

ConMas Designerの「帳票定義情報設定」タブにて、
「Excel取込み時のクラスターindexの振り直し確認画面表示」を［しない］に設定することで
その帳票定義では確認画面が表示されない設定になります。

なお、ConMas Designerでのデフォルト設定は「する」です。
新規帳票定義作成時のデフォルト設定を「しない」にすることはできません。