ConMas Serverをインストールする際には、パーティションを分けておいたほうがいいでしょうか

パーティションを分ける必要はありません。

OSとプロダクト系をCドライブ、
i-Reporterシステムをご利用いただくことで容量が増えていく部分をデーター系として
Dドライブへ分けるような場合は、OSとConMas Serverのインストールで15GB程度に
なりますので、Cドライブには30GB以上を割り当ててください。