ConMasServerのアップデート時に「System.IO.DirectoryNotFoundException: パス 'C:\Windows\system32\Server' の一部が見つかりませんでした。」と表示される

ConMasServer(Manager)のアップデートプログラムを圧縮された状態のまま
実行していないでしょうか。

アップデートプログラムはZIP圧縮されていますので、解凍した後実行してください。