帳票定義のシート(ページ)を跨いで、カスタムマスターの親子設定を行うことはできますか

できます。
ConMas Designerで帳票定義を開き、「クラスターモード」で「カスタムマスター設定」を
選んで親クラスターを選択した後、シート一覧画面で別のシートをダブルクリックして
表示し、子クラスターにしたいクラスターをクリックして設定します。