入力帳票のPDF等のファイルを自動的にフォルダ分けして出力する機能はありますか？

自動ファイル出力機能の出力先フォルダの設定を変更することで可能です。

自動ファイル出力機能は、入力帳票の完了処理やサーバー保存したタイミングで入力帳票のCSVファイルやPDFファイル等を自動的に出力する機能です。

ConMas Managerの「システム管理」-「共通マスター管理」で「BASE_FOLDER」の設定で出力先のフォルダ（ディレクトリ）の設定を変更し、置換文字列等を設定することで帳票定義名称ごとや日付ごとにフォルダを分けてファイルを自動的に出力できるようになります。

自動ファイル出力機能や出力フォルダの設定変更の詳細につきましては下記のマニュアルをご参考ください。