i-Reporterアプリと i-Repo Designer で、同じ専用設定ファイル(.ircfファイル)を使用できますか？

はい、できます。

iOS版i-Reporterアプリ・Windows版i-Reporterアプリ・i-Repo Designerのすべてで、
同じ専用設定ファイル(.ircfファイル)を読込ませてシステム環境設定項目を自動でセットする
ことができます。

なお、iOS版i-Reporterアプリ・Windows版i-Reporterアプリでは、
専用設定ファイル読込みで設定できる項目が異なります。

また、専用設定ファイル読込みでi-Repo Designerに適応される項目は
下記３つの情報のみです。
　・サーバー接続先URL
　・ログイン用 ユーザーID
　・ログイン用 パスワード

同じ専用設定ファイルを iOS版/Windows版 i-Reporterアプリ・i-Repo Designerで
読込んだ場合、それぞれ設定可能な項目のみが適用され、専用設定ファイルに記述されている
その他の設定項目は無視されます。